Ab Februar beginnt die bayerische Regierung damit junge Tiroler zu mustern. Sofort entwickelt sich Widerstand, da kein Tiroler unter napoleonischer Flagge in den Krieg ziehen will. Viele junge Burschen flüchten bald darauf in die Berge.
Schon im April formiert sich eine Gruppe Aufständischer und bald werden in den Bergen die ersten Feuer entzündet, welche zur Kommunikation über die Täler hinweg genutzt werden.
Von jenen Lechtalern, welche zum Feldzug gegen die Russen eingezogen wurden, kamen 24 nicht mehr vom Felde heim
Am 13. April marschiert Andreas Hofer mit seinen Schützen in Innsbruck ein. In Reutte entbrennt ein Aufstand, woraufhin sämtliche bayerischen Beamten aus dem Amt gejagt werden. Die Schützen aus dem Außerfern gelangen schnell an den Vorwerken und Verschanzungen ein, unternehmen sogar Streifzüge bis fast hinaus nach Kempten um die Lage zu erkunden. In Vils sammelt sich eine große Anzahl an Tiroler Schützen, da sich die kleine Stadt inzwischen dem Aufstand angeschlossen hat. Die Tannheimer Schützen unternehmen auch Exkursionen in das Ostrachtal bis hin nach Sonthofen. Die Sonthofener und die Bürger von Immenstadt sympathisieren größtenteils mit den Tirolern
Bald schlägt diese Stimmung bei den Oberallgäuern jedoch um, als einige der Tiroler Truppen damit beginnen die Allgäuer Dörfer auszuplündern. Im besonderen Maße gibt das Vorgehen des Major Teimer Grund zur Klage, die Tannheimer Kompanie zieht deshalb in eine andere Region ab, da sie die bis dahin guten Beziehungen mit den Oberallgäuern gefährdet sehen
Mitte Mai kommt es im oberen Illertal zu einigen Scharmützeln zwischen bayerisch-französischen Truppen und einem Aufgebot an Oberallgäuer Bauern, welche sich bewaffnet mit Sensen, Mistgabeln und Spießen auf der Seite der Aufständischen Tiroler gegen den Feind stellten
Am 19. Mai wird Innsbruck von den durch das Inntal herauf vorrückenden Bayern und Franzosen besetzt. Nach Reutte ergeht daraufhin die Aufforderung zu kapitulieren und die Waffen umgehend nieder zu legen. Die Tiroler Schützen im Außerfern lassen sich davon aber nicht beeindrucken. Als der Feind schließlich Füssen besetzt und seine Truppen an den Ehrenberger Vorwerken aufstellt rotten sich bei Reutte hunderte von Schützen und Bauern zusammen. Die Frauen und Kinder flüchten in der Zwischenzeit in Richtung oberes Lechtal
Am 25. Mai siegt Andreas Hofer mit seinen Schützen am Bergisel bei Innsbruck. Die bayerisch-französischen Truppen können wieder zurückgedrängt werden. Die Talengen werden wieder abgeriegelt um sich vor Überraschungsangriffen aus dem süddeutschen Raum abzusichern
Auch die Vorarlberger beteiligen sich an den Kämpfen gegen Napoleons Truppen. Sie erhalten Blei für ihre Gewehrkugeln aus dem Bergwerk in Biberwier. Der Nachschub an Schwarzpulver versiegt jedoch in Tirol und Vorarlberg zusehends. So kommt es nur gelegen, dass sich die Soldaten auf bayerischer Seite immer weiter zurück zogen
Die jetzt wieder vorrückenden Tiroler Schützen begehen jedoch just den selben Fehler und unternehmen, wieder unter dem Befehl des k.k. Majors Martin Teimer, wilde Beutezüge im Allgäu. Gerade die Ostallgäuer wenden sich immer mehr von der Sache der Aufständischen ab. Auch auf Seite der Tiroler weigern sich viele unter dem Kommando Teimers an diversen Ausfällen teilzunehmen
Am 19. Juni kommt es zu einigen Kampfhandlungen zwischen den Vorarlbergern und den Soldaten der Bayern und Franzosen. Die Vorarlberger sind wild entschlossen die Stadt Kempten für sich einzunehmen und greifen auch an, werden aber durch das Kanonenfeuer zurück gedrängt
Der vom Kaiser von Österreich am 12. Juli unterzeichnete Waffenstillstandsvertrag von Znaim schreibt die Übergabe Tirols an die Bayern vor. Die Tiroler wollen dies aber nicht akzeptieren, besetzen auch Mitte Juli wieder die Talengen und ziehen zusammen mit den Vorarlbergern gegen Pfronten und Nesselwang. Am 17. Juli greifen sie Kempten an, werden aber blutig niedergeschlagen - die Aufständischen ziehen sich damit hinter die Talsperren des Außerferns und nach Vorarlberg zurück
Von französisch-bayerischer Seite aus wird Anfang August daraufhin Füssen abermals besetzt und mit einem ausgedehnten Sperrwerk aus Palisaden und Verschlägen versehen - auch Innsbruck wird wieder unter bayerische Besatzung genommen. Da kommt am 7. August die Meldung, dass Andreas Hofer alle Tiroler Schützen zu den Waffen ruft. In Reutte kommt es zum Kampf, wobei eine württembergische Truppe geschlagen wird
Am 12. August entbrennt - neben dem Schauplatz Füssen - auch im Tannheimer Tal ein Gefecht zwischen den Franzosen, Bayern und unter anderen auch den Tannheimer Schützen. Die Franzosen müssen hierbei an der Wacht bei Oberjoch eine bittere Niederlage einstecken - 34 Tote und einige Verwundete. Die Tannheimer hingegen hätten 'nur' 3 Tote (Jakob Bernzott [3. Scharfschützenkompagnie], Josef Kappler von der Log und Alois Rief von Haldensee [2. Kompagnie]) und einen Verwundeten zu beklagen. Die Tiroler Schützen besetzen daraufhin den Ort Hindelang.
Aus dem Lechtal ziehen sieben Schützenkompanien in den Bereich von Reutte bis gegen Kempten, sowie in das Tannheimer Tal. Auch bei den Lechtalern wurde von 'nur' 2 Todesopfern berichtet
Bei Innsbruck beginnt indes am 13. August die mitunter dritte Schlacht am Bergisel. Auf jeder Seite kämpfen an die 15000 Mann - letztlich schlagen die Tiroler die gegnerischen Truppen und die wehrhaften Bauern und Schützen des gebirgigen Landes sind bald in ganz Europa in aller Munde
Bei Vils und Pinswang werden noch bis Ende August die Ehrenberger Vorwerke besetzt gehalten. Die Franzosen und Bayern lagern derweil in Füssen, Pfronten und Nesselwang. Immer wieder entflammen kleinere Gefechte, etwa im Illertal, bei Füssen oder auch bei Vils. Anfang September nimmt die Heftigkeit dieser Kampfhandlungen gerade im Bereich zwischen dem Tannheimer Tal und dem Ostrachtal immer weiter zu. Am 8. Oktober kämpfen sich die Tiroler bis Sonthofen vor, das Ostrachtal bleibt jedoch weiter schwer umkämpft
Das Zollamt Weißhaus wird durch die Hand der Franzosen ein Raub der Flammen. Bis Ende Oktober kommt es immer wieder zu Angriffen durch die Franzosen und Bayern. Am 26. Oktober ist dann für die Bevölkerung allerdings das Maß voll. Selbst die Frauen und Mädchen marschieren nun zornentbrannt gegen das Joch um die 'Eindringlinge' ein für alle mal zu vertreiben. Die Frauen können auch wirklich einige Franzosen vertreiben und erbeuten mehrere Pferde der Gegner
Für alle Beteiligten ist es oftmals nicht klar ersichtlich, welche Partei nun in der Gewalt steht. Der Schriftverkehr scheint meist schon im Augenblick seiner Übersendung als überholt, wie folgende Nachricht anschaulich darstellt:
Schönberg am 29. Oktober 1809
Nachricht an das Distriktkommando in Reutte
Durch Andreas Hofer wird die vom Hauptquartier unter Erzherzog Johann abgegangene Kuriermeldung über die offizielle Bestätigung des Friedensschlusses vom 14. Oktober mit dem französischen Kaiser zur Kenntnis gebracht. Infolgedessen das Land Tyrol nicht mehr als ein Teil der Monarchie anzusehen ist. Es sind daher alle Feindseligkeiten einzustellen, um ein weiteres Blutvergießen zu verhindern. Es sollen die alten Posten beibehalten werden. Sollte man vom Feind angegriffen werden, so darf man sich verteidigen. Dieser Entschluss ist sogleich dem feindlichen General durch einen Trompeter gegen Empfangsbestätigung zu übermitteln.
Am 1. November findet bei Innsbruck am Bergisel die inzwischen vierte Schlacht statt. Diesmal mit einem ungleichen Verhältnis von 20000 Franzosen gegen gerade einmal etwas mehr als 8000 Tirolern. Bald wird den Tirolern klar, dass sie bei diesem Unternehmen keine Chance mehr haben und ergeben sich. Das Bitten der Tiroler beim Kaiser von Österreich hatte zu keinem Ergebnis geführt. Von Österreich waren keine Soldaten gekommen um die Tiroler zu unterstützen und so war die Aussicht auf Erfolg schlicht vergebens. In Reutte wird die Kapitulation vom Bergisel vorerst argwöhnisch betrachtet und eine Niederlegung der Waffen abgelehnt. Erst am 8. November wird durch zumeist geistlichen Einfluss der Waffenstillstand vollzogen und die Tiroler verlassen die Sperrwerke. Am 11. und 12. November kommen 1200 Soldaten und wenig später noch einmal 3000 Mann als Besatzung in das Außerfern
